腸道的有益菌主要來源于人體本身和外界環境。新生兒的腸道一開始是無菌狀態，通過吸入空氣和接觸母體產生的微生物，逐漸形成菌群。母乳中的益生菌也能促進腸道菌群的形成。食物、水等外界因素也會影響腸道菌群的形成。良好的生活習慣和飲食習慣可以維護腸道菌群的平衡。