發酵菌通常包括以下菌類：

　　1. 酵母菌：如面包酵母菌、啤酒酵母菌、酒精發酵酵母菌等；

　　2. 乳酸菌：如乳酸乳桿菌、嗜酸乳桿菌、炭疽芽胞桿菌等；

　　3. 醋酸菌：如醋酸桿菌、醋酸乳桿菌等；

　　4. 酪酸菌：如葡萄球菌、產酸鏈球菌等；

　　5. 曲霉菌：如黑曲霉、黃曲霉等。

　　這些菌類在食品、飲料、藥品等領域有廣泛的應用，如面包、啤酒、酸奶、干酪、醬油、豆腐、泡菜等。